糖鎖遺伝子ライブラリプロジェクトのプロトコル

GGDBのための糖転移酵素遺伝子のin silico検索

ヒト糖鎖遺伝子の同定とin silicoクローニングをするために、生命情報学のシステムを開発しました。 糖転移酵素候補は、いくつかのパラメタに基づいて同定しています。 ＧGDBに、この手順で発見、同定されたクローン遺伝子情報を格納しました。

1. STEP 1 発現遺伝子配列断片の配列は、オープン・リーディング・フレーム(ORFs)注釈付けを、Phrapで構築しています。ORFの遺伝子領域はGENSCANソフトウェアによって予測しています。



2. STEP 2 糖鎖遺伝子の尤度は、以下の手順に由来したスコアデータから評価しています。
3. モチーフ検索は、それぞれの糖転移酵素サブファミリーのモチーフを持つ候補配列を、同定するために行われています。モチーフは、MEME /MAST、Pfam、およびPROSITEからの情報とツールを使うことで決定しています。
4. N-端末端に局所化される膜貫通領域は、18-22の疎水性アミノ酸残基を含む領域として同定されます。
5. DXD(DXH)モチーフは、二価陽イオン結合を必要として、同定されます。 DXDモチーフはMn2+などの二価陽イオンの配位で、糖ヌクレオチドドナー基質のリン酸基とインタラクトします。しかし、いくつかの糖転移酵素、活性に陽イオンを必要とせず、DXD(DXH)モチーフが全くありません。
6. ステム領域は、膜貫通領域と触媒作用領域の間に位置しており、同定されます。ステム領域には、プロリン/セリン/スレオニンリッチな配列があります。
7. サブファミリーで保存されている、システイン残基の局在が同定されます。
8. プロファルHMM(隠れマルコフモデル)法が、糖転移酵素ファミリーをクラスタリングするのに使用されています。