GlycoProtDBは、LC/MSショットガン分析を基礎としたプロテオーム解析技術によって、 組織や体液から実験的に同定された糖ペプチドの情報をもとに、ボトムアップ的に構築した糖タンパク質データベースです。 アスパラギン側鎖が糖鎖修飾されたタンパク質とその修飾位置を主体とした情報を提供します。 遺伝子名、遺伝子番号(記号ID)、タンパク質名、部分アミノ酸配列などを問い合わせとして検索すると、 適合するタンパク質IDがリスト化されます。 選択した個々のアミノ酸配列について、遺伝子ID、タンパク質名(記述)、アミノ酸配列、ポテンシャル修飾配列（NX[STC]）、 同定された修飾部位、検出された組織、糖ペプチドの捕集に用いたレクチン名、推定されるシグナル配列及び膜貫通領域の位置、 スプライスバリアントやファミリー遺伝子など共通のペプチドによって同定されうる相同遺伝子、 および他の生物種における類似タンパク質(遺伝子)などの情報が文字列やグラフィックによって提示されます。 現在、モデル生物の線虫C.elegans（N2株）とマウスMus musculus (C57BL/6、オス)に由来する情報が格納されています。

本データベースの開発は、文部科学省統合データベースプロジェクト(平成19-22年度)および産総研RIO-DBの資金援助のもとに実施されました。 　線虫糖タンパク質の分析は、文部科学省・科学技術振興調整費ゲノムフロンティア開拓研究（平成12-16年度：研究代表者　礒辺俊明）により、 マウス糖タンパク質の分析は、独立行政法人・新エネルギー産業技術総合開発機構（NEDO）「糖鎖エンジニアリングプロジェクト」 （平成15-17年度：研究代表者　成松久）の研究成果をもとに、科学技術振興機構（JST）・ライフサイエンスデータベース統合推進事業、 統合化推進プログラム（平成23-25年度：研究代表者　成松久）の支援によりデータの公開が行われました。