糖鎖遺伝子ページ

糖鎖遺伝子リストの中から、Gene Symbolを選択することで糖鎖遺伝子のページを表示します。

サマリー

サマリーでは、糖鎖遺伝子について、糖鎖研究者によってキュレーションがされた酵素反応や機能を簡単に記載されています。また、主な酵素反応について前駆体、基質（糖ヌクレオチド）と反応産物を画像として示しています。

糖鎖構造には、IDとしてJCGG-STRが付与されています。併せて、GlyTouCan, GlyCosmos Glycansへのリンクにも対応しています。

summary

GGDBでは、遺伝子名としてHGNCの命名を採用しています。これまでに使用されている通称は Alias 内に収納されています。 また、外部のデータベースとの参考リンクも用意しています。糖鎖遺伝子について、他のデータベース情報を得るときに利用できます。下記のリストは、サマリー内で表示される項目の一覧になります。

  • GGDB Symbol: HGNCで決定されたシンボル名を表示
    • Alias: 糖鎖遺伝子のエイリアスを表示
      • HGNC Symbol: HGNCが決定した遺伝子シンボル
      • historical: 論文などのドキュメントで使用された遺伝子シンボル
      • clone name: クローン名、クローンID
      • related terminology: 生物学や医学の知識にちなんだ名前
      • allelic: 対立遺伝子に対するシンボル
  • Designation: 遺伝子の名称
  • Organism: 生物種名
  • GeneID: NCBIのGeneIDとリンク
  • HGNC: HGNC (HUGO Gene Nomenclature Comittee) のIDとリンク
  • mRNA: RefSeq IDとNCBIのリンク
  • map: 染色体上の遺伝子の位置
  • Protein: RefSeq IDとNCBIのリンク
  • EC#: EC番号とIntEnz (Integrated relational Enzyme database)のリンク
  • CAZy: Family NumberとCAZy（Carbohydrate-Active enZymes）のリンク
  • GlyCosmos glycogene: GlyCosmos Glycogenehのリンク
  • OMIM: OMIMのリンク
  • Disease name: 一般な疾患名
  • GDGDB: GDBDB (Glyco-Diseaee Genes Database)のリンク
  • Human Protein Atlas: Human Protein Atlasのリンク

オーソログ遺伝子

マウスやラット等の糖鎖遺伝子のオーソログ情報をNCBIリンクとして表示しています。 orthologous

アクセプター情報 (Reference) & アクセプター情報 (KEM-C)

基質となる糖鎖構造との基質特異性を、プロダクトの糖鎖構造と併せて、イメージとして記載しています。 アクセプター情報 (Reference) では、論文情報を元にしていおり、アクセプター情報 (KEM-C) は、糖転移酵素の基質特異性に関するDB(KEM-C)を情報源としています。

Acceptor Substrates (Reference)

酵素が転移しなかった構造も記載しています。

Substrate Not Transferred

発現情報

Human Protein Atlas のRNA-seqデータを棒グラフで表示します。 “Tissue RNA Expression” は、この棒グラフの参照先となるHuman Protein Atlasのリンク先になっています。 また、棒グラフの下には、使用しているRNA-seqデータのバージョンを示しています。

棒グラフを左右に動かす＆リセット

棒グラフを、左右に動かすことができます。また、Homeのアイコンで、動かした状態をリセットできます。

Expression

ズームイン＆ズームアウト

プラスのアイコンをクリックすると、棒グラフがズームインされます。マイナスのアイコンをクリックするとズームアウトされます。Homeのアイコンでリセットできます。

Expression

棒グラフを画像としてダウンロード

カメラのアイコンをクリックすると、棒グラフをpngファイルの画像としてダウンロードできます。また、何かしら棒グラフを操作した状態でカメラのアイコンをクリックした場合は、操作後の画像がダウンロードされます。

Expression

一部のTissue Groupを非表示にする

棒グラフの下にある任意のレジェンドをクリックすると、同じ色のグラフは非表示となる。

Expression

発現情報 (Reference)

mRNAの発現部位情報に関する論文を表示しています。

Expression (Reference)

遺伝子オントロジー

糖鎖遺伝子に関連のあるGene Ontologyのデータを表示しています。
（提供元はGene Ontology Annotation(GOA) Database)

Gene Ontology