GlycoGene DataBase

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糖鎖関連遺伝子データベース(GGDB)とは

GGDBの意義

糖鎖遺伝子は、糖転移酵素、糖ヌクレオチド合成酵素、糖ヌクレオチドトランスポーター、硫酸基転移酵素などのように、グリカン合成に関連している遺伝子を含んでいます。現在、180以上のヒト糖鎖遺伝子が同定されて、クローン作成され、特徴付けされています。 「糖鎖遺伝子ライブラリ作成プロジェクト」(2001年4月-2004年3月)において、基質特異性情報が格納された最初のデータベースである、糖鎖遺伝子データベース(GGDB)と同様に、私たちは糖鎖遺伝子に関するデータを収集し、編集しました。GGDBは、糖鎖遺伝子解析のために必要な情報を提供します。

GGDBの現状

糖鎖関連遺伝子データベース(GGDB、 http://riodb.ibase.aist.go.jp/rcmg/ggdb )の目的は、ウェブサイトで糖鎖遺伝子情報への簡単なアクセスをユーザに提供することです。GGDBでは、それぞれの糖鎖遺伝子の以下の特性情報は、XML形式で保存されています: 遺伝子名(遺伝子記号)、酵素名、DNA配列、組織分布 (遺伝子発現)、基質特異性、相同遺伝子、EC番号、および様々なデータベースへの外部のリンクです。基質特異性などの情報を図で表示しています。

糖鎖関連遺伝子データベースのウェブインタフェース(GGDB)

将来の展望

GGDBは、グリコバイオロジにおける進歩に必要な解析効率を高めるための大きな貢献をすると、期待されています。GGDBのアップデートにより、酵素反応情報を表示し、グリカンに関する質量分析データベースにリンクするためのより多くの統合機能を提供します。また、インタフェースは、他の特性情報の付加に伴い、ユーザフィードバックに基づいて、将来拡張されるでしょう。さらに、データマイニング技術を使用し、私たちは、各糖鎖遺伝子の基質特異性を予測する新しいツールを開発するために、蓄積データを解析しています。

謝辞

本研究は新エネルギー・産業技術総合開発機構(NEDO)から支援を受けました。
本データベースの構築、ネットワークセキュリティ及びWEBアプリケーションセキュリティには産業技術総合研究所先端情報計算センター(TACC)の支援を受けました。

注意書

産業技術総合研究所糖鎖医工学研究センターは、このウェブサイトから利用可能な情報の精度、完全性、または有用性のための、法的責務や責任を一切保証しません。